למרות שאנשי שאול היו רבים ואנשי דוד מעטים, היה דוד הולך ומתחזק ובית שאול היו הולכים ודלים. אִישׁ-בֹּשֶׁת בן שאול לא היה איש מלחמה כלל, אבנר היה כעת האיש החזק בבית שאול, ומעמדו רק הלך והתחזק. אך למרות שאִישׁ-בֹּשֶׁת היה תלוי בחסדי אבנר, הוא לא נמנע מלהוכיח את אבנר על שלקח את רצפה בת איה פילגש אביו. אבנר ראה זאת כמרידה במלכות, כיון שראה את עצמו כָּעיקר שעליו נשענת כל מלכות אִישׁ-בֹּשֶׁת בן שאול. "וַיִּחַר לְאַבְנֵר מְאֹד עַל דִּבְרֵי אִישׁ בֹּשֶׁת, וַיֹּאמֶר: הֲרֹאשׁ כֶּלֶב אָנֹכִי?"... האם אני ראש לכלבים וממונה על כלבים? או שר צבא ישראל? ועוד אומר אבנר לאִישׁ-בֹּשֶׁת: שרק בזכות אבנר לא נפלו בית שאול בידי דוד. ומאחר שאִישׁ-בֹּשֶׁת פוקד עליו את עוון האשה הזו: רצפה פילגש שאול, מתכוון אבנר להעביר את המלוכה מבית שאול אל בית דוד, כדי שדוד ימלוך על כל ישראל כפי שנשבע ה' לדוד.

אִישׁ בֹּשֶׁת "לֹא יָכֹל עוֹד לְהָשִׁיב אֶת אַבְנֵר דָּבָר מִיִּרְאָתוֹ אֹתוֹ". ואבנר אומר ועושה: הוא שולח שליחים אל דוד המלך להודיעו כי הוא מכיר במלכותו, ומעוניין לכרות עמו ברית ולהסב אליו את כל ישראל. דוד המלך מסכים, אך מַתְנֶה זאת בכך שאבנר יחזיר אליו את אשתו מיכל בת שאול ויבוא עמה, ועל ידי כך יראו כולם שדוד מקבל את הממלכה ברצון ה', מה גם שדוד הוא חתנו של שאול וזכותו למלא את מקום שאול, ובכך לא יֵרָאֶה אבנר כמורד בשאול אלא כמלווה את מיכל אשת דוד, וזה יהיה הסימן לכל ישראל שאבנר אכן מסכים להשלים עם דוד.

דוד שולח שליחים אל אִישׁ-בֹּשֶׁת ומבקש לקבל את מיכל אשתו הראשונה, אשר ארש ב - 100 עורלות פלישתים (200). אִישׁ-בֹּשֶׁת יודע כעת כי לב אבנר אינו שלם עמו, ומבלי להמרות את פי דוד הוא לוקח את מיכל מאת פלטיאל בן ליש ומחזירה לדוד. (וכל אותן השנים נעץ פלטיאל בן ליש חרב במיטה בינו לבין מיכל, ולא נכשל בה).

אבנר פונה אל זקני ישראל ואומר להם: שראוי להם לבחור בדוד, כיון שבזכותו היו הרבה הצלות לישראל וגם "כִּי יְיָ אָמַר אֶל דָּוִד לֵאמֹר: בְּיַד דָּוִד עַבְדִּי הוֹשִׁיעַ אֶת עַמִּי יִשְׂרָאֵל מִיַּד פְּלִשְׁתִּים וּמִיַּד כָּל אֹיְבֵיהֶם". לאחר מכן מדבר אבנר עם אנשי בנימין שבטו של שאול. ולאחר ששלח שליחים אל דוד המלך, הולך אבנר בעצמו לחברון ועמו 20 אנשים, כדי לדבר עם דוד באופן אישי. דוד המלך מקבל יפה את אבנר ואנשיו, הוא רואה שכוונתם טובה ועורך לכבודם משתה. "וַיֹּאמֶר אַבְנֵר אֶל דָּוִד: אָקוּמָה וְאֵלֵכָה וְאֶקְבְּצָה אֶל אֲדֹנִי הַמֶּלֶךְ אֶת כָּל יִשְׂרָאֵל וְיִכְרְתוּ אִתְּךָ בְּרִית, וּמָלַכְתָּ בְּכֹל אֲשֶׁר תְּאַוֶּה נַפְשֶׁךָ. וַיְּשַׁלַּח דָּוִד אֶת אַבְנֵר וַיֵּלֶךְ בְּשָׁלוֹם". ברגע שיצא אבנר מחברון, הגיעו יואב שר צבא דוד ועבדי דוד המלך מן הגדוד ועמם שלל רב. כאשר נודע להם שאבנר בא אל דוד המלך וישלחהו דוד בשלום, הם קינאו על הכבוד שחלק דוד לאבנר, וחששו שאבנר יתחבב על דוד המלך, ובעקבות הפיוס עם אבנר יואב שר צבא דוד יהיה מיותר.

יואב מגיע אל דוד המלך ושואל בפליאה: מדוע בא אבנר אל המלך? ולמה שילח המלך את אבנר? הרי כל מטרתו של אבנר היא לפתות את המלך ולרגל אחריו, שהרי הוא שונא לדוד. הרי בבואו אל דוד, נחשב אבנר מורד במלכותו של אִישׁ-בֹּשֶׁת בן שאול, ואם כוונתו היתה אמיתית כיצד הוא חוזר לביתו בלא חשש, במקום להישאר כאן? יואב מנסה להשניא את אבנר על דוד ולקבל רשות להרוג את אבנר.

יואב שר צבא דוד היה מאוד מתוחכם, הוא שולח אל אבנר שליחים בשם דוד המלך אך ללא ידיעת דוד, והשליחים משיבים אותו מבור הסירה - מקום שהיה מרוחק מחברון. יואב מצליח להטות את אבנר במרמה לתוך שער העיר, כדי שיוכל "לדבר" עמו שם בשלווה אודות השלום שבא אבנר לעשות בין דוד וישראל, ובינתיים מעסיק אבישי את אנשי אבנר. זו היתה טעותו של אבנר שלא נזהר מיואב, שהרי היה עליו לדעת שיואב ינסה לגאול את דם עֲשָׂהאֵל אחיו, ואכן כך היה: יואב היכה את אבנר והרגו "וַיַּכֵּהוּ שָׁם הַחֹמֶשׁ וַיָּמָת בְּדַם עֲשָׂהאֵל אָחִיו".

יואב שר צבא דוד המלך היה חכם וגדול וראש הסנהדרין והוא היה גואל הדם של עֲשָׂהאֵל אחיו. אמרו רבותינו ז"ל: שיואב תבע את אבנר בדם עֲשָׂהאֵל אחיו, ודן אותו בדין סנהדרין. אמר לו: למה הרגת את עֲשָׂהאֵל? אמר: עֲשָׂהאֵל היה רודף. אמר לו: יכולת רק לפגוע בעֲשָׂהאֵל באחד מאיבריו ולא להורגו. אמר לו: לא יכולתי לכוון לו לאחד מאבריו. אמר לו: בדופן חמשית כוונת לו, ובאחד מאיבריו לא יכולת לכוון לו? אבנר היכה את עֲשָׂהאֵל בָּחוֹמֶש, כלומר: פגע בו בדיוק בצלע החמישית, במקום שבו תלויים המרה והכבד. הוא פגע בו בחנית דו צדדית בצורה מדוייקת ביותר, ועֲשָׂהאֵל מת במקום. אבל גם ידוע שאבנר הִתְרָה בעֲשָׂהאֵל פעמיים וביקש ממנו להימנע מהרדיפה כדי שלא יצטרך להורגו, אך עֲשָׂהאֵל סרב ולכן הרגו בבחינת הקם להרגך השכם להורגו.

ולמה נהרג אבנר? רבי יהושע בן לוי אומר: על שעשה דמן של נערים לשחוק. וחכמים אומרים: על שלא הניח לשָאול להתפייס עם דוד, ומאחר שאבנר היה מפצל הממלכה, לא היתה לו זכות לאחד את בית ישראל. ויש אומרים שלא מִחָה בשָאול על הריגת נוב עיר הכהנים. ואמרו חז''ל: היה נוח לו לאדם להזיז כותל בנוי בעובי 6 אמות (כשלושה מטר), מאשר להזיז רגל אחת של אבנר. ואם היה לארץ מקום להאחז בו, היה אבנר מזעזעה. והיה כל מחנה ישראל שרוי בין ארכובותיו (ברכיו), שהיה גבוה מכולם מארכובותיו ומעלה.

כאשר שמע דוד המלך על מות אבנר "וַיֹּאמֶר: נָקִי אָנֹכִי וּמַמְלַכְתִּי מֵעִם יְיָ עַד עוֹלָם מִדְּמֵי אַבְנֵר בֶּן נֵר". שהיה דוד חושש שמא העם יחשוב שידו היתה במות אבנר, שהרי דוד הזמינו אליו ובהליכתו ממנו נהרג. אך לאחר הלווית אבנר כבר לא היה ספק לאיש בדבר חפותו של דוד המלך. דוד המלך יוצא בעצמו להלווית אבנר והולך אחר המיטה, למרות שאין מלך יוצא להלוויה. ואפילו אם מת לו מת, אינו יוצא מפתח הפלטרין שלו. ודוד עשה זאת כדי להוציא מלבם של ישראל שלא יחשדוהו כי בעצתו נהרג אבנר. "וַיֹּאמֶר דָּוִד אֶל יוֹאָב וְאֶל כָּל הָעָם אֲשֶׁר אִתּוֹ: קִרְעוּ בִגְדֵיכֶם וְחִגְרוּ שַׂקִּים וְסִפְדוּ... וַיִשָּׂא הַמֶּלֶךְ אֶת קוֹלוֹ וַיֵּבְךְּ אֶל קֶבֶר אַבְנֵר וַיִּבְכּוּ כָּל הָעָם... וַיֹּאמֶר הַמֶּלֶךְ אֶל עֲבָדָיו: הֲלוֹא תֵדְעוּ כִּי שַׂר וְגָדוֹל נָפַל הַיּוֹם הַזֶּה בְּיִשְׂרָאֵל".

דוד המלך נוהג באבלות של ממש, בוכה ומקונן על אבנר, ושרוי בצער גדול כל כך שלא טעם לחם כל היום ההוא. היה לו חשוב שכל ישראל ידעו ויכירו בכך שלא היתה כוונה מאת המלך להמית את אבנר, "וַיֵּדְעוּ כָל הָעָם וְכָל יִשְׂרָאֵל בַּיּוֹם הַהוּא, כִּי לֹא הָיְתָה מֵהַמֶּלֶךְ לְהָמִית אֶת אַבְנֵר בֶּן נֵר". הריגת אבנר שהיה שר וגדול בישראל היתה מאוד קשה בעיניו, במיוחד בהיותו בברית עמו.

דוד אינו הורג את יואב, כיון שלא היו עדים ולא התראה. וגם שהיה מתיירא מיואב, שמא יקום עליו להורגו "וְהָאֲנָשִׁים הָאֵלֶּה בְּנֵי צְרוּיָה קָשִׁים מִמֶּנִּי", אך מקלל את יואב בחמש קללות. דוד המלך היה רך לבב מול בני צרויה שהיו קשים ממנו ולא יכל להם, וגם מן הדין לא היה ליואב משפט מוות כיון שלא היו שם עדים והתראה, ודוד מסר דינו של יואב לשמים.

אילולא מקלו של יואב שהיה רודה בו לא היה דוד עושה מלחמה, שכל מלחמות דוד היו על ידי יואב. ובסופו של דבר נהרג יואב במצוות דוד בידי שלמה בנו כמורד במלכות: כאשר נטה אחרי אדוניה במקום אחרי שלמה המלך. וגם כיון שבאגרת אשר שלח יואב לדוד המלך משדה הקרב, הזכיר יואב את שמו תחילה ורק אחר כך הזכיר את שמו של דוד המלך. יואב כתב: ממני אבנר שר צבא ישראל, לדוד מלך ישראל, שלום. ולכן נענש.

דרשו רבותינו ז"ל: "בור וסירה" גרמו לו לאבנר שיהרג, שלא החזיק בדברי דוד אל שאול, אלא דחה אותם בדברי הבל ושיקר לשאול. "בור" הכוונה לצפחת המים שלקח דוד ממראשותיו של שאול. אך אבנר אומר לשאול שדוד לא לקח את הצפחת ממראשותיו, אלא אחד הנערים שכח את צפחת המים שם בבור ודוד מצא את הצפחת שם בבור. "וסירה" הכוונה לכנף מעילו של שאול אשר נכרת על ידי דוד במערה. אבנר אומר לשאול: לא דוד הוא זה שכרת את כנף מעילך, אלא כנף מעילך נאחז בסירה (בקוץ, סירה קוצנית) ונקרע ולא הרגשת, ומצאו דוד.

בחייו - כל מלכות בית שאול נשענה על אבנר, ובמותו - הסתיימה מלכות בית שאול באופן סופי.